מקווה שתסלחו לי על השאלה, אך אני הדיוט בכל נושא ההלכה..

חייל שנהרג בעת מילוי תפקידו נקבר בארון קבורה.
לפי היהדות יש לקבור את המת כפי שהוא באדמה ללא ארון (בשל רעיון תחיית המתים).

האם קבורה שכזאת לא נוגדת בעצם את ההלכה?

אין בעיה לקבור בארון אם מתקיימים תנאים הלכתיים מסויימים. זה יותר תלוי במנהג. בחו"ל קוברים בד"כ בארון.

http://www.masorti.org.il/uploads/uploads/file_61.pdf
http://www.kipa.co.il/ask/show/196151

..

אבל בחו"ל קוברים בארון משום דרגי שלום שכן זהו החוק אבל הארון מחורר מלמטה כך שהמת נוגע באדמה, נראה לי שמשתמשים בפתרון זה גם בצבא

בלי לגרוע מהמגיבים האחרים,

לצערינו, הרבה פעמים אין מה לקבור (טנק שרוף...) אז מפאת כבוד המת לא מראים גופה בתכריכים אלא קוברים חללי צה"ל בארון.
אזרחים נקברים בד"כ בתכריכים אבל אם יש מקרה של אזרח ש"אין מה לקבור" וכו' אז קוברים במקרה כזה גם אזרח בארון.