מאגוז לפיקוד השייטת
[התמונה הבאה מגיעה מקישור שלא מתחיל ב https ולכן לא הוטמעה בדף כדי לשמור על https תקין:
http://www.nrg.co.il/images/nrg/gifs/t.gif]
בשנת '99 החליט שאול מופז, אז הרמטכ"ל, למנות את צוקרמן למפקד השייטת. הוגשה עתירה לבג"ץ בדרישה לבטל את המינוי ולהעמיד את צוקרמן לדין פלילי על הריגת מחבל כפות בזמן פעולה בלבנון. העתירה התייחסה לפעולה של השייטת בדצמבר ,'93 שעליה פיקד צוקרמן.
כוח של הקומנדו הימי פעל בטריפולי, סמוך למחנה מחבלים. המבצע הסתבך כשהכוח הבחין במחבל מתקרב.החיילים השתלטו עליו וכפתו אותו.תוך כדי כך נפלט כדור מרובה של אחד מהם. נוכחות הכוח נחשפה ומחבלים נוספים התקרבו. המחבל הכפות ניסה לברוח, כל האזור התעורר. מדובר היה בצוות קטן מאוד של לוחמים, בעומק השטח, כשהאפשרות לחילוץ כמעט לא קיימת. היתה סכנה ממשית ללוחמים.
האחריות נפלה על כתפי צוקרמן. המחבל נורה תחילה ברגליו,אך המשיך בנסיונות הבריחה והבאת התגבור.הוא נורה שוב, ונהרג. מגיש העתירה, עו"ד עמי הולנדר, מחק אותה בהמלצת שופטי בג"ץ. אלה אף חייבו אותו לשלם לצוקרמן ולמדינה הוצאות משפט. בית המשפט אמר את דברו, למרות שהעותר משך את עתירתו. נקבע שמשימתו העיקרית של צוקרמן, אחרי שהכוח התגלה, היתה לפנות את חייליו בשלום. השופטים הדגישו שצוקרמן פעל בהדרגתיות ורק אחרי שהגיע למסקנה שהימלטות המחבל תביא לגילוי הכוח, הורה לירות בו.
הם הוסיפו כי לפי גרסת החייל שקיבל את ההוראה, לא נאמר לו להרוג את המחבל, רק לירות בו שלא יברח. המינוי של צוקרמן נשאר כמובן בתוקף. "בשטח, באותם תנאים בלתי אפשריים, לא הייתי מתנהג אחרת היום," אומר צוקרמן. "בדיעבד, אולי מבחינת תכנון ואמצעים מראש של אותה פעולה, היה נכון לעשות את הדברים אחרת ולא להגיע לסיטואציה כל כך קשה שאין ממנה מוצא אחר. חשוב לציין שמדובר באירוע מאוד חריג, במצב קיצוני. בג"ץ אמר את דברו והבין את ההיבטים המורכבים האלה."