ישראל טוענת כי מקורה של כל התקרית בשגגה. הממשל האמריקני קיבל את הטענה, וזו עמדתה הרשמית של ממשלת ארצות הברית. לדברי ישראל, ארצות הברית הבהירה לה שלא היו ספינות אמריקניות באזור, וצה"ל חשב את "ליברטי" לספינת ביון מצרית שהעבירה מידע לערבים או לספינה המצרית אל-קסר (ספינה הקטנה פי 4 מ"ליברטי"). לאחר חקירות שניהלו ישראל והאמריקנים, פיצתה ישראל את ארצות הברית בסכום של 13 מיליון דולרים.
עם זאת, מקצת מהניצולים, כמו גם משקיפים מערביים ובכירים בממשל האמריקני, בהם ראש ה-CIA לשעבר, ריצ'רד הלמס, ומזכיר המדינה דאז, דין ראסק, טוענים כי ההתקפה הייתה מכוונת וכי ישראל ידעה שמדובר בספינה אמריקנית.
הפרקליט הצבאי, קפטן וורד בוסטון, היה חבר בצוות שהוביל את החקירה שנפתחה בצי לאחר התקרית. לאחרונה הוא חתם על תצהיר משפטי וטען שג'ונסון ומקנמרה הורו לצוות החקירה "לקבוע בדו"ח המסכם שהאירוע היה תאונה מבצעית בשל טעות בזיהוי", למרות שלדבריו היו בידיהם הוכחות שסותרות גרסה זו.
בוסטון אמר ששמר כל הזמן הזה על שתיקתו "בגלל שאני חייל, וכשיש פקודות - צריך לבצען". לדבריו, מה שגרם לו לשבור את שתיקתו רבת השנים היה ספר שיצא לאחרונה בשם "תקרית ליברטי" (The Liberty Incident), שטוען שהארוע אכן נגרם בשל טעות בזיהוי.
בתום עבודתה של ועדת החקירה קבעו חבריה שאין בידיהם מידע מספק כדי לקבוע בוודאות מדוע נתנו המפקדים הישראלים הוראה לתקוף את הספינה. הוועדה אפילו לא הגדירה את התקרית "תאונה מבצעית", בשל חוסר בהוכחות.
"זה היה טיוח אמריקני קלאסי", טוען האדמירל בדימוס תומס מורר, בכיר לשעבר במטות המשולבים של הצבא האמריקני, שחקר את התקרית במשך שנים ארוכות. מורר, שפאנל שהוא עומד בראשו טוען זה שנים שההתקפה הייתה מכוונת, קורא לקונגרס לפתוח מחדש את התיק בנושא ולחקור את האירוע בשנית.
דובר שגרירות ישראל בארה"ב, מארק רגב, דוחה על הסף כל טענה שישראל תקפה כלי שיט אמריקני ביודעין. "אני יכול לומר ללא עוררין שטרגדיית ליברטי הייתה תאונה מצערת, ושהטייסים הישראלים סברו שהם מתקיפים ספינת אויב. זה קרה באמצע המלחמה. זוהי פרשה שאיננו גאים בה", הוסיף רגב.
בתגובה להודעה מספר 1 שנכתבה על ידי op9090 שמתחילה ב "ה Uss Liberty - כשישראל תקפה את ארצות הברית"
ישראל תקפה בכוונה תחילה על מנת לנטרל את ניטור השיחות בין מנהיגי ערב.
לפי השמועות, ישראל ניטרה את השיחות הללו ושילבה בהם מידע מוטעה, שגרר את שאר החזיתות לאופוריה שהתבדתה מאוחר מידי.
_____________________________________
"הצדיקים האמיתיים, אינם קובלים על הרישעה אלא מוסיפים צדק. אינם קובלים על הבערות אלא מוסיפים חכמה. אינם קובלים על הכפירה אלא מוסיפים אמונה" הרב קוק זצ"ל
בתגובה להודעה מספר 3 שנכתבה על ידי op9090 שמתחילה ב "למה לישראל להסתיר מארה"ב את..."
מספיק שהיתה יוצאת הודעה מהלברטי לפנטגון והרוסים היו מעודכנים.
צריך לזכור שבאותם ימים ארה"ב הטילה אמברגו במכירת נשק לישראל,
והיתה אוהדת לירדן לא פחות מאשר לישראל.
באתו הזמן בפנטגון שכן מרגל רוסי שמסר כל פיפס לרוסים.
_____________________________________
"הצדיקים האמיתיים, אינם קובלים על הרישעה אלא מוסיפים צדק. אינם קובלים על הבערות אלא מוסיפים חכמה. אינם קובלים על הכפירה אלא מוסיפים אמונה" הרב קוק זצ"ל